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A história do mangá se passa na Inglaterra em 1999, que, ameaçada por criaturas sobrenaturais, é protegida pela Ordem Real dos Cavaleiros Protestantes, a Organização Hellsing.

Fundada e comandada pela família Hellsing há mais de 100 anos, a organização secreta é especializada em combater seres das trevas (vampiros).

Liderada por Sir Integra Fairbrook Wingates Hellsing, dentre seus subordinados estão o mordomo e ex-combatente Walter C. Donez, a novata Ceras Victoria e o poderoso vampiro Alucard.

Nesse cenário, um conflito entre os protestantes da Hellsing e os católicos da Seção XIII do Vaticano, adiciona-se o renascimento de um velho inimigo, o grupo Millennium, responsável pela criação artificial de vampiros que propagaram - se por todo o Reino Unido. Millennium foi um grupo formado por vários oficiais da SS (Schutzstaffel), a elite das tropas nazistas. Destinava-se à pesquisa de vampiros, para que estes fossem usados em batalha pela Alemanha Nazista na 2ª Guerra Mundial.